99se的特點如下：

　　1、方便的查找功能，能輕松找到存儲在設計數據庫中的文件。

　　2、增強的選中功能，在原理圖中選擇一級器件，PCB板中同樣的器件也將會被選中。

　　3、可生成30多種格式的電氣連接網絡表。

　　4、強大的全局編輯功能。

　　5、同時運行原理圖和PCB，在打開原理圖和PCB圖兩者間允許雙向交叉查找元件、引腳、網絡標號。

　　6、庫中器件管腳的熱點捕捉功能，方便識別哪一端為電氣連接端。

　　7、端口、圖紙入口功能增加了垂直端口和圖紙入口的頂部底部放置方式。

　　8、豐富的輸入，輸出的功能。

　　9、Protel99 se PCB 可以設計32個信號層，16內電層和16個機加工層，在層堆棧管理器用戶可定義板層結構，可以看到層堆棧的立體效果等。